La Asamblea general es el órgano supremo de gobierno de la asociación, integrado por los socios, que adopta sus acuerdos por el principio mayoritario o de democracia interna.

La Junta directiva es el órgano rector y de gobierno de la asociación, compete a la Junta directiva gestionar y representar los intereses de la asociación, de acuerdo con las disposiciones y directiva de la Asamblea general.

En APADIS Bahía de Algeciras la Junta directiva está compuesta por Isabel Navarro González como presidenta, Juan Antonio Mayor Cueto como vicepresidente, Manuela Vázquez Vázquez como secretaria, Eloísa Malagón Romero como tesorera, María Isabel Vargas-Manchuca Barea, María Josefa Hoyos Madrid, como vocales.